软件介绍
PyMOL是面向生物科研领域的专业分子可视化工具,广泛应用于蛋白、核酸、小分子配体的三维结构解析,PyMOL兼容PDB、CIF、电子密度文件等主流分子格式,支持多套结构同步加载与对比查看,内置卡通、球棍、静电表面等十余种显示模式,可直观标注氢键、盐桥、蛋白配体相互作用位点。PyMOL自带光线追踪渲染引擎,能输出高清晰度、适配期刊发表的图像文件,软件内置距离、二面角测量、结构叠合比对功能,方便科研人员分析构象差异,依托内置Python脚本接口可实现批量作图、自动化分析,还支持制作分子运动、蛋白结合动态演示短片,适配结构生物学、药物研发、课堂教学等多种场景,轻量化运行,普通设备也可流畅处理大型生物大分子模型
软件安装
蛋白质数据库
下面是常见的蛋白质数据库:
01.Uniprot
网址:https://www.uniprot.org
02.Proteinatlas
网址:https://www.proteinatlas.org
03.InterPro
网址:https://www.ebi.ac.uk/interpro
04.PDB
网址:https://www.rcsb.org
05.Binding DB
网址:https://www.bindingdb.org/bind/index.jsp
06.String
网址:https://string-db.org
07.GeneCards
网址:https://www.genecards.org
08.GENATLAS
网址:http://geneatlas.roslin.ed.ac.uk/
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